La tecnología llega a la farmacia, y a los negocios de toda España, para quedarse. Y, como dice el refrán, “el que avisa no es traidor“. 

Hoy voy a explicarte, en este artículo de Marvin, Abogados y Asesores de Farmacias, en qué consiste la nueva obligación de facturación electrónica en farmacias y qué papel juega Verifactu en todo esto. Si tienes una oficina de farmacia, este tema te interesa, y mucho.

Primera aclaración: La factura electrónica en farmacias ya no es opcional

Desde la aprobación de la Ley Crea y Crece, la factura electrónica ha dejado de ser una opción para muchas farmacias. En concreto, es obligatoria cuando se factura a otras empresas o a profesionales autónomos.

Las ventas a pacientes particulares siguen excluidas, salvo que la farmacia supere los umbrales de facturación que determine la normativa futura. Esta excepción alivia a muchos, pero no quita que el cambio venga con fuerza.

Y es que, más pronto que tarde, todas las farmacias tendrán que adaptarse a este nuevo entorno digital, donde las facturas en papel pasarán a la historia.

Verifactu: ¿qué es y por qué afecta a las farmacias?

Verifactu es el nuevo sistema creado por la Agencia Tributaria para controlar la facturación en tiempo real. Su objetivo es prevenir el fraude fiscal y mejorar la transparencia en la contabilidad empresarial.

Todas las farmacias que usen un software de facturación deberán asegurarse de que esté homologado conforme a los requisitos de Verifactu. Esto no es opcional, aunque la remisión automática a Hacienda sí lo sea.

El sistema se aplica a quienes desarrollan actividades económicas, es decir, a casi todas las oficinas de farmacia, salvo algunas excepciones muy concretas.

Fechas clave para adaptarse a Verifactu

El calendario ya está marcado. Según el Real Decreto 254/2025, de 1 de abril, las farmacias deben estar preparadas en estas fechas:

• 1 de enero de 2026 para contribuyentes del Impuesto sobre Sociedades.
• 1 de julio de 2026 para el resto de empresas y autónomos, incluyendo farmacéuticos.

Esto quiere decir que el tiempo corre, y no es buena idea dejarlo para última hora. Adaptarse lleva su trabajo.

Dos formas de aplicar Verifactu: Automático o manual

Aunque el software debe estar adaptado al sistema, el envío automático de facturas a la AEAT es opcional. Pero esto no significa que puedas relajarte.

• Si eliges la modalidad automática, las facturas se remiten directamente a Hacienda, lo que puede aportar mayor comodidad. 
• Si prefieres la modalidad sin envío, deberás conservar los registros de forma local y tenerlos listos para cualquier inspección.

Como se suele decir, “cada cual elige el camino que quiere seguir“, pero tener los registros bien gestionados puede evitar muchas complicaciones.

Requisitos del software de facturación Verifactu

Diferencias entre usar o no usar el sistema Verifactu

Usar el sistema Verifactu aporta una gestión más automatizada y una reducción de trámites manuales. Puede facilitar el acceso a futuras integraciones con la administración pública.

En cambio, si optas por la modalidad sin envío, sigues teniendo que almacenar los datos, y deberás estar preparado para demostrar el cumplimiento ante requerimientos. No necesitas conexión permanente a internet, lo cual puede ser un punto a favor para algunas farmacias.

En definitiva, la decisión dependerá del nivel de comodidad que busques. Pero ojo: el software debe cumplir igual, elijas la opción que elijas【16†source】.

Ventajas de la factura electrónica en farmacias

La factura electrónica no es solo una imposición legal, representa ventajas interesantes y oportunidades de optimización para las farmacias.

• Facilita el trabajo administrativo.
• Mejora la trazabilidad.
• Reduce errores en el proceso contable.

Se ha documentado una reducción significativa de los tiempos de gestión y mejora en el control contable, aunque el ahorro específico dependerá de cada farmacia.

Y como guinda del pastel, favorece el control sobre la morosidad, algo que, como bien sabes, puede dar muchos quebraderos de cabeza.

Si te interesa profundizar en cómo optimizar los recursos fiscales de tu oficina de farmacia, no te pierdas este otro artículo: Fiscalidad en la farmacia: Claves para una gestión eficiente.

Allí te cuento cómo reducir costes, evitar errores comunes y tomar mejores decisiones contables en tu día a día.

¿Quiénes están obligados a aplicar Verifactu?

Todos los contribuyentes que desarrollan actividades económicas están afectados por Verifactu. En el caso de las farmacias, eso incluye a la práctica totalidad del sector, con excepción de quienes se rijan por el SII o estén en territorios forales.

Esto incluye tanto a autónomos como a sociedades, así que si tienes una farmacia, es casi seguro que te afecta esta normativa. El envío de datos a Hacienda puede ser voluntario, pero la obligación de tener un software adaptado es ineludible.

¿Cómo elegir un software de facturación homologado?

No todos los programas de facturación del mercado cumplen con Verifactu. Es imprescindible elegir uno que garantice integridad, trazabilidad y conservación de datos.

Algunas soluciones de las más conocidas en el sector son Holded y Wolters Kluwer. Pero, como se suele decir, “cada maestrillo tiene su librillo“. Lo importante es que el programa se ajuste a tu operativa diaria.

Desde Marvin, Abogados y Asesores de Farmacias, podemos ayudarte a verificar si tu software actual cumple con los requisitos o acompañarte en el proceso de cambio.

Y si además buscas una gestión fiscal y contable especializada en farmacias, nuestro equipo te acompaña con rigor y cercanía en todas tus obligaciones tributarias: Descubre nuestro servicio fiscal-contable especializado en farmacias.

Las consecuencias de no cumplir con Verifactu

Utilizar un programa que no esté homologado, o manipular uno que sí lo esté, puede acarrear multas de hasta 50.000 euros por año. No es ninguna broma.

Además, si pierdes los registros o no puedes demostrar que cumples, puedes estar en situación de incumplimiento ante la Agencia Tributaria. En resumen: no cumplir con Verifactu no sale a cuenta, ni económica ni legalmente.

Asesoría profesional para digitalizar la facturación de tu farmacia con seguridad

En Marvin, Abogados y Asesores de Farmacias, sabemos que el tiempo apremia y que cada nueva normativa supone un reto añadido al trabajo diario en el mostrador.

Por eso, disponemos de un equipo especializado en fiscalidad y normativa específica para farmacias, que te ayudará a implementar Verifactu sin complicaciones ni riesgos innecesarios.

Contacta con nosotros y evita sobresaltos: estamos aquí para que adaptes tu facturación a Verifactu con total seguridad y tranquilidad.

Preguntas frecuentes acerca de la facturación electrónica en farmacias